Довольна давно столкнулся с проблемой, что ссылки сделанные через JRoute::_ не на страницах самого компонента теряли ЧПУ, т.е. вместо /blog/29 выводятся как /component/blog/29
Решение: нужно добавлять ссылкам Itemid=, равен он должен быть ID пункта меню.
Есть несколько способов решения данной задачи, но мне кажется самый удобный - получить бесплатный ssl сертификат от Let's Encrypt, через утилиту certbot.
Certbot позволяет не только получить сертификат, но и сразу установить его на apache или nginx. При этом не только на один домен, а на несколько.
На сайте под управлением Joomla 3, столкнулся с проблемой - при переходе на несуществующую страницу, вместо кода 404 и соответствующей страницы, выдавалось содержимое главная с кодом 200.