Итак проблема - в одном отдельно взятом php файле пропала подсветка синтаксиса, при это во всех проектах, в которых такой файл был.
Оказалось, что файл (полное имя) был прописан в паттерн к другому типу файлов и Phpstorm ,не обращая внимание на расширение, обрабатывал его как txt.
