При первичной установке total commander 'ра специально отмечал, что все настройки должны сохраняться в его папке (partable), но после переустановки windows, тотал настроек он не увидел.
Похоже проблем у ом, что Тотал настройки сохранил в свою папку, а вот информацию, что нужно файлы искать не в папке пользователя, он хранил в реестре.
Решение: просто перенести файлы WINCMD.INI и wcx_ftp.ini в c:\Users\USER_NAME\AppData\Roaming\GHISLER\