Довольна давно столкнулся с проблемой, что ссылки сделанные через JRoute::_ не на страницах самого компонента теряли ЧПУ, т.е. вместо /blog/29 выводятся как /component/blog/29
Решение: нужно добавлять ссылкам Itemid=, равен он должен быть ID пункта меню.
Т.е.: JRoute::_('index.php?option=com_blog&view=item&Itemid=108&id='.$oRow->id);