Суть проблемы - многие jQuery плагины, работают используя $ для вызова методов jQuery, а шаблоны Joomla 3 , по умолчанию, используют "безопасный режим" и доступ к методам есть только через ключевое слово jQuery
Особенность работы с jQuery в Joomla 3 на примере prettyPhoto
06.01.2016
Старая статья по теме
Подключение prettyPhoto с избежанием проблемы:
// Fix: <script src="https://code.jquery.com/jquery-3.3.1.min.js"></script> <script src="https://code.jquery.com/jquery-migrate-1.4.1.min.js"></script> <link rel="stylesheet" href="/so/ext/prettyPhoto/css/prettyPhoto.css" /> <script src="/so/ext/prettyPhoto/js/jquery.prettyPhoto.js"></script> <script> (function($){ $(function() { // Shorthand for $( document ).ready() $("a[rel^='prettyPhoto']").prettyPhoto({theme:'facebook', social_tools: false}); }); })(jQuery); </script>