Если, после установки phpMyAdmin, видите сообщение "В конфигурационном файле необходимо задать парольную фразу (blowfish_secret)."
То стоит еще немного его настроить.
По сути все что требуется, это добавить в конфигурационный файл 32 символьную последовательность, например:
$cfg['blowfish_secret'] = '66237039008332136506646927011772'; /* YOU MUST FILL IN THIS FOR COOKIE AUTH! */
Основная, на мой взгляд, проблема в том, что конфигурационный файл может быть в разных местах.
Если напрямую скачали архив с сайта phpMyAdmin, и распаковали его в директорию отдельного домена, то в ней и будет нужный файл, например, /home/public/pma.SITE.ru/www/.
Если устанавливали его в систему, то обычно это /etc/phpmyadmin/ или /usr/share/phpmyadmin/.
Лучше не вносить изменения в файл config.sample.inc.php (это конфиг пример), а скопировать его в эту же папку с именем config.inc.php и вносить изменения уже в него.