При попытке обновить Joomla до 3.10.1 получил предупреждение, что сначала нужно поправить структур БД.
При попытке ее исправить получил ошибку: got error 168 unknown generic error from engine from storage engine
Итак, данная ошибка возникала как при обновлении через саму Jooml'у (/administrator/index.php?option=com_installer&view=database), так и при ручной попытке изменить таблицу #__ucm_content.
Также таких таблиц было несколько, у некоторых требовалось только изменить кодировку одного поля.
Скопировать или переименовать таблицу / поле тоже не получалось. Очистить (truncate) - не помогло.
В итоге сделал экспорт этой таблицы, изменил кодировку нужных полей и таблиц, удалил ее и импортировал заново. Все заработало.