Как не странно, но инлайн клавиатура (клавиатура с подсказками) сама не скрывается. Т.е. если ее одни раз вызвать через reply_markup, то она будет висеть и для всех последующих сообщений бота.
Что бы ее убрать, нужно отправить:
'reply_markup' => [
'remove_keyboard' => true,
]