На сервере была связка nginx + Apache, и при скачивании файлов по прямым ссылкам при достижении 124мб происходил обрыв загрузки файлов.
Причиной оказалась директива EnableSendfile в httpd.conf. В версии 2.4 Apache она по умолчанию выключена, а в предыдущих версиях сервера была включена.
EnableSendfile on - решило проблему.