Как не странно, но поиск по данному вопросу отправлял меня только к RetroPi, но он меня не устраивает тем, что не хочет запуститься под оболочкой рабочего стола, нужно перезагружать малину в командную строку и работать оттуда (хотя и в консоле нек все гладко заработало).
Конечно можно сделать отдельную SD карту с RetroPi, но есть способ проще.
Поискал просто эмуляторы под Linux и нашел несколько. У меня заработали fceux и bsnes
Установка fceux:
sudo apt-get install fceux
Установка bsnes:
sudo apt-get install bsnes
Если нужна последняя версия:
sudo add-apt-repository ppa:hunter-kaller/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install bsnes
Еще ставил xboxdrv, но не уверен, что это нужно. Проблема была в том, что когда биндил кнопки, то введенные с гемпада не отображались, но оказалось, что все сохраняется и работает.