Есть неприятная особенность при использовании zip в консуле linux систем - если в архивируемой папке есть symlink (ярлык/ссылка) на другую директорию) то содержимое этой папки тоже будет добавлено в архив.
Если это не требуется, то нужно использовать ключ -y
Пример: zip -ry out.zip /home/user
Создание ссылки: ln -s /home/user/files /home/_UserFiles